מערכת המשפט בצבא היא מערכת משפט עצמאית ושונה ממערכת המשפט הנהוגה במדינת ישראל. לצבא ישם גופים אוטונומיים, בלתי קשורים, האחראיים על חקירה, העמדה לדין ושפיטה. בנוסף לחוק הפלילי של מדינת ישראל שחל בתחומי המדינה, למערכת הצבאית ישנו חוק ייחודי המגדיר את המסגרת הפלילית בצבא – חוק שיפוט צבאי החל על כל המשרתים בצבא.
הדיון לפי חוק שיפוט צבאי נערך בבתי דין צבאיים. לבתי דין אלה יש את הסמכות מקבילה לשפוט כל חייל המשרת בצה"ל, בשירות סדיר או מילואים, בגין כל עבירה שמעוגנת בחוקי המדינה גם אם אינן לפי חוק שיפוט צבאי.
לבתי הדין הצבאיים גם הסמכות לשפיטת נאשמים שאינם משרתים בצה"ל, בין היתר אזרחים עובדי צה"ל, אזרחים שביצעו עבירה הקשורה לצבא או אנשי מילואים שבזמן הדיון בעניינם אינם משרתים שירות פעיל.
המשרד מעניק ללקוחותיו שירות ומטפל בכל הנוגע ל:
חקירת מצ"ח, מחיקת רישום פלילי צבאי, נפקדות ועריקות, עבירות סמים בצבא, עבירות התנהגות ואלימות, עבירות מין בצבא, עבירות תנועה בצבא, פגיעה בביטחון המדינה, הוצאת נשק וסחר בנשק, גניבה וביזה בצבא, התעללות ושררה כלפי פקודים, שימוש בלתי חוקי בנשק, פגיעה עצמית, אלימות כלפי פלסטינאים, זיוף ימי מחלה ועוד.
